Lagunas: En el país existen más de 1800, la mayoría situadas por encima de los 2.700m, en lo que se denomina alta montaña. Las lagunas constituyen una red de amortiguación de caudales y sedimentos provenientes de las cuencas altas. Las partes altas de los ríos transportan el agua producto de la fusión del hielo de los glaciares, precipitaciones y granizo. Las lagunas regulan y estabilizan los caudales gracias a su capacidad receptora que incluso puede amortiguar fenómenos importantes como avalanchas y flujos de lodo.

Las lagunas constituyen una importante reserva hídrica, ocupan más de 150 km².

Las lagunas más grandes de Colombia son el Lago Guamués o La Cocha, en Nariño con un área de más de 40 km² y la de Tota en Boyacá con un área aproximada de 5,6 km². Le siguen la laguna del Otún, La Magdalena, El buey, la Laguna Grande y Gavilanes.

| Ciénagas y pantanos: En el país existen al menos 1900 ciénagas, que ocupan más de 7.800 km². Los pantanos ocupan más de 19.000 km².

Las ciénagas se localizan principalmente en los departamentos de Magdalena y Bolívar. Los pantanos en Guainía y Guaviare.

Las más importantes son la Ciénaga Grande Santa Marta, la de Zapatosa, Pajaral, Zárate y Ayapel, todas ellas localizadas en el departamento Magdalena.